臺灣海軍7月1日發生誤射導彈事件之后，直到蔡英文2日下午回到臺灣，才大致確定事件的性質是“目無軍紀、人謀不臧”。蔡英文嚴厲的譴責臺灣“國防部”，并做出“六點裁示”，要求在海軍司令部最短期間“完成對海軍的艦隊管理、人員紀律、教育訓練整頓并見到成績”，同時蔡英文也要求“國防部和參謀本部，除了追究失職人員的責任之外，必須制定更嚴謹的操演準則，相關人員的訓練也必須更嚴格和確實”。

　　臺灣《聯合報》3日分析稱，蔡英文返回臺灣后立即召開“國安會議”，在會中她與“國安團隊”都認為，“系統性失靈”是造成導彈誤射的核心問題。相關人士表示，整起事件是一連串失誤造成，反映出臺軍長久累積的惡習、弊病。

　　導彈誤射事件目前已經進入司法程序，蔡英文要求軍方全力配合調查，一定要“水落石出”，在最短時間內給一個清楚交代。臺灣檢方陸續公布部分調查結果。

　　據臺灣《中國時報》7月3日報道，檢方發現，金江艦有40余名官兵，導彈發射時，艦長林伯澤正在艦令部開會，艦上除陳銘修、高嘉駿在戰情室，其余人員都已下艦集合，等待接受測試官檢閱。陳銘修因從清晨五六時許就在準備操演，當時口渴想要喝水，于是離開了戰情室。獨自1人的高嘉駿此時想要再熟悉操作流程，于是自己操作屏幕，卻在“作戰模式”下，還沒切換回“訓練模式”，就一路按完“檢查是否正常”“設定目標”“選擇導彈”“允許發射”“發射”等，結果導彈真的發射了。正要喝水的陳銘修聽見轟轟聲響，沖回戰情室，想切換回“訓練模式”已來不及，在碼頭集合的人，趕緊上艦，卻為時已晚。

　　除了檢方公布的調查結果，臺軍2日晚也針對外界的質疑回答了10個問題，包括誤射的導彈為什么不能自毀、為什么擊中漁船沒有爆炸等。

　　所有這些都沒有阻止外界的批評和質疑。臺灣《聯合報》報道稱，著名學者李家同批評說，很多民眾和他一樣，至今仍搞不懂，為何一個小小的中士，就能隨隨便便把導彈射出去？“國防部”到現在仍講不清楚，“為何不講清楚？我看是怕一旦講清楚，會太丟臉。”對于“國防部”一開始就把主要責任都推給那個中士，李家同認為，這絕非一個小兵的問題，而是軍紀散漫到極點。世界各地都一樣，要發射導彈，一定要經過層層管制，艦長的鑰匙、密碼，不可能隨隨便便交給小兵操作，何況案發時小兵身旁竟無人監督，實在荒謬至極。

　　綠營的臺灣智庫3日公布一項民調，對于導彈誤射事件，74.6%民眾認為臺軍在訓練上螺絲松了。

　　《中國時報》3日的社論稱，東亞區域安全情勢極為緊繃，臺軍竟然發生導彈誤射事件，對對岸及東亞地區造成強烈震撼。雖然初步調查顯示應屬個別士官與士兵操作失誤、長官監督失能事件，但如此精密的高科技殺傷性武器，管理竟然如此松散，訓練不良、紀律廢弛，當然必須嚴厲追查懲處;但更該思考的是：陷入結構性失能的臺軍，究竟是不是應該解散。

　　香港“東網”評論說，用“危脆國軍”這個詞來形容現在的臺軍再合適不過，“危”是“危如累卵”，“脆”則是“脆弱不堪”!

　　當然，也有人認為千錯萬錯都是“馬的”錯!據臺灣東森新聞云網站報道，民進黨“立院黨團書記長”陳亭妃聲稱，軍紀的敗壞不是現在的事情，而是“從過去8年到現在，馬英九對于中國的懦弱，而讓大家覺得國防已經不重要了，所以導致發生今天的狀況”。此言一出，立即引起大批網友攻擊，認為民進黨凡事都要牽扯“前朝”，遇到狀況就請“馬維拉上場救援”。馬英九3日出席一場活動時，對于媒體提問臺軍誤射導彈，只是低頭并未回答，然后快步離開會場。

　　3日下午，林伯澤、陳銘修及高嘉駿等臺軍官兵到遇難者黃文忠靈堂前上香，他們一到就立即下跪向家屬道歉。黃文忠妻子罵高嘉駿，“是將導彈當成打線上游戲是不是？”【環球時報駐臺北特約記者 蕭師言 環球時報記者 郭媛丹 林鵬飛】